工程施工、工程結算都是作為中轉科目，按完工百分比法或者實際發生成本占預計總成本的比例來確認收入和毛利。由于收入成本的確認是按進度或比例來算，因此會導致與實際收到工程款占總收入的比例差異，所以才通過工程施工和工程結算來中轉。
工程施工—合同成本，根據實際發生的成本記錄，借記原材料、應付薪酬等科目
工程施工—合同毛利，根據確認收入成本的差額計算
工程結算，根據收到的工程款記錄，借記銀行存款或應收賬款
對沖分錄的公式簡單看成，合同成本+合同毛利=工程結算。即如果合同賺錢，成本+毛利=收款，如果合同虧損，成本-損失=收款

簡單舉個例子，某工程項目，總價1000萬，預計成本800萬，1月1日開工，12月31日完工。約定1月1日付工程進度款300萬，完工付700萬.
1月1日收到300萬
借：銀行存款 300
貸：工程結算 300
6月30日，實際發生成本400萬，預計項目完工進度50%
借：工程施工—合同成本 400
貸：原材料、應付職工薪酬等 400
借：主營業務成本 400
       工程施工—合同毛利 100
貸：主營業務收入 500
12月31日完工，收到剩余700萬
借：銀行存款 700
貸：工程結算 700
項目完工，實際累計發生成本750萬
借：工程施工—合同成本 350
貸：原材料、應付職工薪酬等 350
借：主營業務成本 350
       工程施工—合同毛利 150
貸：主營業務收入 500

對沖工程施工和工程結算
借：工程結算 1000
貸：工程施工—合同成本 750
                     —合同毛利 250